Les algues brunes sont constituées de silice et sont souvent les premières à apparaître en aquarium : comme toutes les algues, elles parviennent à se fixer aux vitres et à l’ensemble du décor. Dans un aquarium fraichement installé, rempli à l’eau du robinet, la présence de silicate et de carbonates de calcium est élevée : si le bac n’est pas équipé d’un diffuseur de CO2 (gaz carbonique) et si l’eau est basique (pH supérieur à 7), les plantes puisent le carbone dont elles ont besoin directement et le calcium se dépose à la surface des feuilles : une légère croûte blanche se développe sur les feuilles et les algues brunes et vertes s’y fixent facilement. Sur les vitres, elles s’enlèvent facilement à l’aide d’une ouate, en les frottant doucement ; sur les roches et les plantes, l’opération est pénible et peut endommager les plantes. Dans un bac ancien, malgré l’entretien, certaines algues brunes profitent des excédents de nitrates et de phosphates organiques non détectables : elles forment des petits pinceaux noirs fortement attachés aux plantes, aux racines, aux roches et même aux joints en silicone du bac. Elles peuvent être enlevées manuellement mais l’opération est longue et fastidieuse. Avec l’apparition des éclairages à base de Led, certaines algues brun-rouge se développent en croûtes gluantes et épaisses sur le décor, sur le sol et les vitres du bac : une aspiration régulière des déchets peut en venir à bout mais elles reviennent assez vite.

Les algues vertes comptent de nombreuses espèces, en eau douce comme en eau de mer : en eau douce, les plus fréquentes forment des points verts qui s’accrochent aux vitres et au décor inerte comme aux plantes. D’autres espèces forment de petites touffes gazonnantes et assez tendres, qui peuvent assez vite devenir plus épaisses, plus foncées avec le temps. Une autre espèce forme de longs filaments qui s’enroulent autour des plantes et envahit rapidement le bac. Toutes ces algues peuvent être retirées mécaniquement par l’aquariophile mais toutes ces manipulations sont pénibles et très chronophages.